据广州港务局负责人介绍，广州南沙保税港区设有码头作业区、物流仓储加工区、港口配套服务区等功能区，规划面积7.06平方公里。这也是国务院批准的国内第9个保税港区。
按照要求，广州南沙保税港区实行封闭式管理，并按照海关特殊监管区域有关规定组织保税港区隔离监管设施的建设，同时，广州南沙保税港区的功能和有关税收、外汇政策按照《国务院关于设立洋山保税港区的批复》的有关规定执行。
港区享受保税区、出口加工区的税收和外汇管理政策，在税收、外贸、仓储、运输等四个方面享有优惠政策。如税务方面包括：国外货物入港区保税；货物出港区进入国内销售按货物进口的有关规定办理报关手续，并按货物实际状态征税；国内货物入港区视同出口，实行退税；港区内企业之间的货物交易不征增值税和消费税。
由于港区的这些优惠政策，有关企业货物进港区后即可办理退税，以及强大的仓储功能和出口加工作业区，大大降低了出口企业的成本，减轻企业流动资金负担，这在当前国际“金融海啸”环境下，显得十分重要。
保税港区是大陆目前开放层次最高、政策最优惠、功能最齐全、区位优势最明显，港口与陆地区域融合的保税物流监管区域。据了解，广州南沙保税港区将充分发挥区位优势和政策优势，发展国际中转、配送、采购、转口贸易和出口加工等业务，拓展相关功能。
南沙保税港区位于珠江出海口西岸，通过珠江水系发达的内河航运系统可将保税港区经济功能辐射至整个珠江流域大部地区，拥有十分完善的陆路交通网络、纳入国家规划的铁路干网和周边五个国际机场，南沙港保税区将实现江海、海陆空联运。
