把已开好窗口孔的覆盖膜去掉离型膜后，贴在已蚀刻好电路的基板上，叠层之前，要对线路表面进行清洗处理，以去除表面污染和氧化。表面清洗用化学方法。去掉离型膜后的覆盖膜上有许许多多各种形状的孔，完全成了没有骨架的薄膜，特别难于操作，就是利用定位孔要与线路上的位置重叠对好也不是件容易的事。目前大批量生产各厂还是依靠人工来进行对位叠层，操作人员首先把覆盖膜窗口孔与线路图形的连接盘和端子进行准确定位，确认后进行临时固定。实际上如果柔性印制板或覆盖膜任何一方尺寸发生变化，就无法准确定位。如果条件允许可以把覆盖膜分割成若干片后，再进行叠片定位。如果强制把覆盖膜拉长进行对位，会造成膜更加不平整，使尺寸发生更大的变化，这是使制板产生皱折的重要原因。
暂时固定覆盖膜可使用电烙铁或做简易压合，这是完全依靠人工进行操作的工序，为了提高生产效率，各厂都想了不少办法。
定好位的覆盖膜还要进行加热加压使胶黏剂完全固化与线路成为一体。这一工序的加热温度是160～200℃，时间为1．5～2h(一个循环时间)。为了提高生产效率有几种不同的方案，最常用的是用热压机。把临时固定好覆盖膜的印制板放入压机的热板之间，分段重叠，同时加热加压。加热方式有蒸汽、热媒体(油)、电加热等。蒸汽加热成本低，但温度基本上是160℃。电加热可以加热到300℃以上，但温度的分布不均匀。外部热源把硅油加热，以硅油为媒体方式进行加热可以达到200℃，而且温度分布均匀，最近使用这种加热方式的逐步多起来。考虑到使胶黏剂能充分填入到线路图形空隙采用真空压机是比较理想的，其设备价格高，压制周期稍长。但从合格率和生产效率方面来考虑还是合算的。引入真空压机的实例也在不断增加。
层压叠板方式对于胶黏剂填充到线路间的状态和成品柔性印制板的耐弯曲性能都会有很大的影响。叠片材料有市售的通用品，考虑到批量生产的成本，各柔性板厂都自制叠片材料。根据柔性印制板的构造和所使用的材料，叠板用材料和结构也有所不同。
2．FPC覆盖层的丝网潺印
漏印覆盖层比层压覆盖膜机械特性差，但材料费、加工费要低。使用最多的是不需要进行反复弯曲的民用产品和汽车上的柔性印制板。其工艺和使用的设备与刚性印制板阻焊膜的印刷基本相同，但所使用的油墨材料是完全不同的。要选用适合柔性印制板的油墨，市售的油墨中有UV固化型和热固化型，前者固化时间短、方便，但一般机械特性和耐性化学药品性能差。如果用于弯曲或苛刻的化学条件下有时会不妥，特别要避免用于化学镀金，因为镀液会从窗口的端部渗入到覆盖层下，严重的会造成覆盖层剥离。热固型油墨由于固化需要20～30min，所以连续固化的烘道也比较长，一般都使用间歇式烘箱。
3．FPC光致涂覆层
光致涂覆层基本工艺与刚性印制板用的光致阻焊膜相同。使用的材料同样也是干膜型和液态油墨型。实际上阻焊干膜与液态油墨还是有所差别的，干膜型和液态型的涂布工艺虽然完全不同，但曝光及其以后的工序基本可以使用相同的装置。当然具体的工艺条件会有所不同。．干膜首先要进行贴膜，把全部线路图用干膜覆盖起来，普通的贴干膜法在线路之间容易有气泡残留，所以要用真空贴膜机。
油墨型是采用丝网漏印或喷涂法把油墨涂布在线路图形上。丝网漏印是使用比较多的涂布方法，与刚性印制板工艺相同。但一次漏印涂布的油墨厚度比较薄，基本上是10～15um，由于线路的方．向性，一次印刷油墨厚薄不均匀，甚至出现跳印，为了提高可靠性，还应改变漏印方向后进行第二次漏印。喷涂法在印制板的工艺上还是比较新的技术，可以利用喷嘴调整喷涂厚度，而且调整范围也较广，涂布均匀，几乎没有涂布不到的部位，并且可以连续进行涂布，适用于大批量生产。
丝网漏印使用的油墨有环氧树脂型和聚酰亚胺型，都是双组分，使用前与固化剂混合，根据需要加入溶剂调整黏度，印刷后需进行干燥，双面线路可以光涂布一面进行临时干燥后，反过来再涂布另一面并进行临时干燥，曝光、显影之后再进行干燥固化。
光致涂覆层的图形曝光需要有一定精度的定位机构，如果盘的大小是100um左右，覆盖层的位置精度至少是30～40弘m。如在图形曝光时所讨论的，装置的机械能力如果有保证，这种精度要求是可以达到的。但是柔性印制板在经过多道工艺加工处理后，由于其自身的尺寸产生伸缩或部分变形精度就很难达到较高的要求。
显影工艺没有什么大的难题，精密图形要充分注意显影条件，显影液与抗蚀图形显影液一样都是碳酸钠水溶液，即使小批量生产也要避免与图形显影共用同一显影液。 为了使显影后的光致涂覆层树脂完全固化，还必须进行后固化。固化温度会因树脂不同，而有所不同，必须在烘箱中固化20～30min。