助焊剂的工作原理，概括来讲：就是在整个焊接过程中，助焊剂通过自身的活性物质作用，去除焊接材质表面的氧化层，同时使锡液及被焊材质之间的表面张力减小，增强锡液流动、浸润的性能，帮助焊接完成，所以它的名字叫“助焊剂”。
如果要对助焊剂工作原理进行一个全分析，那就是通过助焊剂中活化物质对焊接材质表面的氧化物进行清理，使焊料合金能够很好地与被焊接材质结合并形成焊点，在这个过程中，起到主要作用的是助焊剂中的活化剂等物质，这些物质能够迅速地去除焊盘及元件管脚的氧化物，并且有时还能保护被焊材质在焊接完成之前不再氧化。
另外，在去除氧化膜的同时，助焊剂中的表面活性剂也开始工作，它能够显著降低液态焊料在被焊材质表面所体现出来的表面张力，使液态焊料的流动性及铺展能力加强，并保证锡焊料能渗透至每一个细微的钎焊缝隙；在锡炉焊接工艺中，当被焊接体离开锡液表面的一瞬间，因为助焊剂的润湿作用，多余的锡焊料会顺着管脚流下，从而避免了拉尖、连焊等不良现象。