不仅如此，长三角自身产业升级也存在一定障碍。《指导意见》要求长三角要重点发展服务业，但根据上海市一位专家的说法，长三角在发展服务业存在诸多困境，比如国有企业控制太多。“即使在浙江这种民营经济发达的地方，第三产业领域中仍然是国有企业占据大部分份额。” 第三产业市场化程度不够是个很大的瓶颈，政府要转变观点，促进第三产业市场化，促进民营企业在第三产业上的发展。
该专家进一步认为，“长三角的一些地方还是有追求GDP倾向，而服务业发展难度较大，促进GDP也没工业效果明显。”
上海市科技项目(评估)管理中心张玉臣则表示，长三角内部要形成基于利益的协调机制，认识到合作大于单干，内部合作就能度过这个转型阵痛。
